La Facultad de Ingeniería inicia su funcionamiento en Diciembre del año 1995 como Facultad de Ingeniería Electromecánica usufructuando un pabellón del Colegio Técnico Nacional de Encarnación – CTN y CEV- convenio mediante con el MEC. y como Encargado del Decanato es designado el Ing. Alfredo Aquino Benítez.
Por Res. No. 35 de febrero/96 el Consejo de Universidades otorga la habilitación para el funcionamiento de la carrera de Ingeniería Electromecánica y en el mes de marzo se realiza el primer examen de ingreso oportunidad en que ingresaron 10 alumnos de 45 inscriptos.
En marzo/98 se realiza el primer acto comicial para la conformación del Consejo Directivo de la Facultad, siendo el primer Decano el Ingeniero Alfredo Aquino y Vice Decano el Ing. Daniel Alberto Cristaldo -Res. UNI 166/98. –
En el mismo año 1998 con el fin de ofrecer más oportunidades a la juventud local y apresurar la formación de personal técnico se trabaja y modifica la malla curricular lográndose la habilitación de una carrera de Técnico Superior en Electrónica con énfasis en Informática, electromedicina y agroindustria lográndose el funcionamiento de los dos primeros énfasis en el año 1999.- Esta carrera técnica dio como frutos 44 egresados y se traslada a la Facultad de Ciencias y Tecnología por Resolución CSU No. 032/2007 donde comienza a funcionar a partir del mes de marzo del 2007.-
A partir de este año y en forma continua y sostenida la Facultad fue creciendo e incorporando nuevas carreras razón por la que se trabaja en el cambio de denominación de la institución adecuándose así al entorno y los avances instalados en la región, por los cambios efectuados por la hidroeléctrica Yacyretá, el crecimiento edilicio de la ciudad de Encarnación que demandaban profesionales del área de la ingeniería en sus diversas áreas.
Así, en octubre del año 2000 se cambia de denominación a Facultad de Ingeniería por Res. CSU No. 032/2000 de la UNI, y por la misma resolución se crean las carreras de Ingeniería Civil e Informática. Estas carreras se ponen en funcionamiento a partir del año 2001 y sus habilitaciones por el Consejo de Universidades se da para la carrera de Ingeniería Civil por Acta 122/2004 y la carrera de Informática Acta 088/2001.- Así mismo, el Consejo Directivo decide la semestralización de la carrera de Ingeniería Electromecánica que nació con plan anual y se convierte en Plan semestral a partir del año 2001.
A esta altura de la vida académica de la Facultad-años 2002/2004- va ganando prestigio y acuden alumnos de diferentes lugares del país, de Brasil y Argentina por lo que se inicia un proceso de relacionamiento con Facultades y Universidades de la región con quienes se firman convenios y se realizan actividades de capacitación docentes. Además se conforma un equipo con el Decano, Vice Decano y Secretaria General y se trabaja con tesón, yendo y viniendo a la ciudad capital visitando entes nacional e internacional para el logro de cooperación de asistencia técnica para el desarrollo de laboratorios. Así, se logra el apoyo del Gobierno de Japón a través de la Agencia de Cooperación Internacional del Japón – JICA.- en el año 2002.- EPSON DSC picture
A partir del año 2003 todas las dependencias se trasladan en el campus universitario de la UNI y en marzo del mismo año se elige el segundo decano de la institución que recae en la persona del Ingeniero Daniel Alberto Cristaldo Benítez y como Vice Decano el Ing. Pascual Samaniego Molinas Resolución REC 007/2003.- Así mismo en abril del 2008 por Resolución Rec 061/2008 se nombra por segundo periodo al Ing. Daniel A. Cristaldo y al Vice Decano Ing. Pascual Samaniego. Ese mismo año en el mes agosto por renuncia del Decano electo asume el decanato de la FIUNI el Ing. Pascual Samaniego Molinas y como Vice Decano es electo el Ing. Oscar Dionisio Trochez.-
En el año 2008 el Consejo Directivo decide participar del proceso de Acreditación de las carreras de Ingeniería Civil y de Ingeniería Electromecánica y conforma la primera Comisión de Autoevaluación.-
En Agosto del 2010 fueron beneficiados, por primera vez, con Becas del Programa ERASMUS MUNDUS tres egresados de la carrera de Ingeniería Electromecánica para cursar estudios de posgrados en Maestría de Eficiencia Energética – Seguridad industrial y medio ambiente y Ingeniería del Mantenimiento, todas ellas cursadas en la Universidad Politécnica de Valencia, España.-
En el marco del Programa de movilidad Estudiantil y Docente de la Asociación de Universidades del Grupo Montevideo desde el año 2011 han viajado numerosos estudiantes y docentes de las carreras que ofrece la FIUNI a Universidades de los países que conforman la AUGM. De igual manera se recibió, en el marco del mismo programa a estudiantes de Universidades de los países que conforman la AUGM como ser Argentina, Brasil, Chile, Uruguay.
En Diciembre del 2012 se obtiene la Acreditación de la carrera de Ingeniería Civil, pasando a ser la primera carrera acreditada en la FIUNI; luego en Diciembre del 2013 se obtiene por Resolución de la ANEAES Nº 167/2013 la acreditación de la carrera de Ingeniería Electromecánica, y finalmente en el mes de marzo del 2017 por Resolución de la ANEAES Nº: 40/2017 se obtiene la acreditación de la carrera de Ingeniería en Informática llegando así a ser Acreditadas todas las carreras que ofrece la Unidad Académica.
Actualmente se cuenta con la Unidad Técnica de Evaluación y el Departamento de Aseguramiento de la Calidad quienes conforman equipos de trabajo por cada carrera para trabajar en forma continua en el proceso de acreditación de carreras.